tl;dr 書き換えないと死ぬという状況でなければ git mv で済ませましょう (追記) $ git filter-branch --tree-filter \ 'mkdir hoge; for file in `ls | grep -v hoge`; do mv -t hoge $file; やりたいこと Git リポジトリのルートディレクトリ以下のファイ…